ไฟล์ธนาคารข้อมูลโปรตีน (PDB) เป็นรูปแบบไฟล์ที่ใช้ในการจัดเก็บข้อมูลทางชีวภาพสามมิติ ไฟล์ PDB มักใช้เพื่อเก็บข้อมูลเกี่ยวกับโปรตีน กรดนิวคลีอิก และสารชีวโมเลกุลอื่นๆ ไฟล์ PDB สามารถดูได้หลายวิธี รวมถึงผ่านซอฟต์แวร์เช่น PyMOL และ VMD ใน Windows 11 คุณสามารถเปิดไฟล์ PDB ได้โดยไปที่ File Explorer คลิกที่แท็บ View จากนั้นเลือกตัวเลือกเพื่อแสดงไฟล์และโฟลเดอร์ที่ซ่อนอยู่ เมื่อคุณทำสิ่งนี้แล้ว คุณควรจะสามารถค้นหาไฟล์ PDB ที่คุณต้องการดูได้ ไฟล์ PDB เป็นเครื่องมือสำคัญสำหรับนักวิทยาศาสตร์ที่ทำงานกับสารชีวโมเลกุล เนื่องจากช่วยให้สามารถสร้างภาพและวิเคราะห์ข้อมูลในสามมิติได้ การทำความเข้าใจวิธีการเปิดและดูไฟล์ PDB จึงเป็นทักษะที่สำคัญสำหรับทุกคนที่ทำงานในด้านชีวสารสนเทศหรือชีววิทยาเชิงคำนวณ
ไฟล์ธนาคารข้อมูลโปรตีน (PDB) เป็นไฟล์โมเลกุลสามมิติที่เก็บโครงสร้างโมเลกุล ตอนนี้ หากคุณสงสัยว่าจะเปิดไฟล์ดังกล่าวบนพีซีได้อย่างไร โพสต์นี้จะสนใจคุณ ที่นี่เราจะหารือเกี่ยวกับไฟล์ PDB โดยละเอียดและวิธีดูไฟล์ดังกล่าวใน Windows 11/10 เพื่อไม่ให้เป็นการเสียเวลา เรามาดูกันเลยดีกว่า!
ไฟล์ Protein Data Bank (PDB) คืออะไร?
ธนาคารข้อมูลโปรตีน (PDB) เป็นฐานข้อมูลของข้อมูลโครงสร้าง 3 มิติสำหรับโปรตีน กรดนิวคลีอิก และโมเลกุลขนาดใหญ่อื่นๆ ไฟล์จาก จีดีพี นามสกุลไฟล์นั้นเป็นไฟล์ที่มีข้อมูลที่เกี่ยวข้องกับโครงสร้างของโมเลกุลชีวภาพสามมิติ ข้อมูลประกอบด้วยพิกัดอะตอม โครงสร้างอะตอม การเชื่อมต่อของอะตอม โครงสร้างโปรตีน โครงสร้างกรดนิวคลีอิก และอื่นๆ นอกจากนี้ยังมีข้อมูลเมตาการทดลอง
รูปแบบไฟล์นี้ใช้กันอย่างแพร่หลายในชีวสารสนเทศเพื่อแลกเปลี่ยนพิกัดโปรตีน มันมีหลายพันบรรทัดที่อธิบายถึงโครงสร้างของโปรตีน ตอนนี้ ถ้าคุณต้องการอ่านหรือดูไฟล์ PDB บนพีซีที่ใช้ Windows คุณต้องใช้เครื่องมือของบุคคลที่สามโดยเฉพาะ เนื่องจากไม่มีแอปแบบเนทีฟสำหรับสิ่งนั้น ในโพสต์นี้ เราจะพูดถึงวิธีต่างๆ ในการดูไฟล์ PDB ใน Windows 11/10
วิธีดูไฟล์ Protein Data Bank (PDB) ใน Windows 11
มีสองวิธีในการดูไฟล์ Protein Data Bank (PDB) ใน Windows 11/10 ได้แก่:
- ใช้ซอฟต์แวร์ฟรีเพื่อดูไฟล์ PDB
- ลองใช้เครื่องมือออนไลน์ฟรีเพื่ออ่านไฟล์ PDB
1] ใช้ซอฟต์แวร์ฟรีเพื่อดูไฟล์ PDB
คุณสามารถใช้ซอฟต์แวร์ Windows ของบริษัทอื่นที่อนุญาตให้คุณเปิดและดูไฟล์ PDB มีแอปเดสก์ท็อปฟรีหลายแอปสำหรับ Windows ที่คุณสามารถลองใช้ได้ นี่คือบางส่วนที่ดีที่คุณสามารถใช้ได้:
- ไอคิวมอล
- Swiss-PdbViewer
- คูมอล
- โมเลกุล
- ราสโมล
ก] อิกโมล
IQmol เป็นซอฟต์แวร์แก้ไขโมเลกุลและการแสดงภาพแบบโอเพ่นซอร์สฟรีสำหรับ Windows 11/10 เมื่อใช้มัน คุณสามารถดู PDB รวมถึงไฟล์โมเลกุล 3 มิติอื่นๆ เช่น MOL, SMI, CUBE, XYZ เป็นต้น ในซอฟต์แวร์นี้ คุณจะพบเครื่องมือสร้างภาพโมเลกุลที่สำคัญทั้งหมด เครื่องมือเหล่านี้มีตั้งแต่ขั้นพื้นฐานไปจนถึงขั้นสูง นอกเหนือจากการดูไฟล์ PDB แล้ว คุณยังสามารถแก้ไขโครงสร้างโมเลกุลได้อีกด้วย
ช่วยให้คุณสามารถเปิดไฟล์ PDB หลายไฟล์พร้อมกันและดูทั้งหมดได้ในเวลาเดียวกัน ในแผงมุมมองแบบจำลอง คุณสามารถเปิดหรือปิดใช้งานการเรนเดอร์ไฟล์ PDB ตั้งแต่หนึ่งไฟล์ขึ้นไป
ลักษณะสำคัญของ IQmol:
คุณสมบัติของโปรแกรมดูไฟล์ PDB แบบโอเพ่นซอร์สฟรีที่คุณสามารถดูได้คือ:
- คุณจะพบเครื่องมือเรียกดูไฟล์มาตรฐานทั้งหมด รวมถึงการซูมเข้า/ซูมออก (ด้วยล้อเลื่อนของเมาส์) แพน หมุน เต็มหน้าจอ รีเซ็ตมุมมอง แสดงแกน ฯลฯ
- ช่วยให้คุณสามารถปรับแต่งรูปลักษณ์ของโมเดลโดยการแก้ไขพารามิเตอร์ต่างๆ เช่น เชดเดอร์ แสงโดยรอบ การแพร่กระจาย ความแรงของหมอก ไฮไลท์ ความเข้มของสัญญาณรบกวน พารามิเตอร์ POV-Ray เป็นต้น
- คุณยังสามารถเพิ่มฉลากอะตอม เช่น มวลอะตอม ประจุบางส่วน NMR ความหนาแน่นของสปิน เป็นต้น
- สิ่งนี้ทำให้คุณสามารถปรับแต่งการตั้งค่ากล้องได้ตามใจชอบ คุณสามารถปรับการฉายภาพ ตำแหน่ง ฯลฯ ของกล้องได้
- มีความสะดวก หมุนอัตโนมัติ ฟังก์ชันที่ให้คุณหมุนแบบจำลองโมเลกุลได้โดยอัตโนมัติ
- คุณสามารถบันทึกการแสดงโครงสร้างโปรตีนปัจจุบันในรูปแบบรูปภาพ เช่น PNG, PPM, BMP, JPG, PS, EPS เป็นต้น
- นอกจากนี้ยังช่วยให้คุณแปลง PDB เป็นไฟล์โมเลกุลอื่นโดยใช้คุณสมบัติ 'บันทึกเป็น' รูปแบบเอาต์พุตที่รองรับ: XYZ, MOL, MOL2, CML เป็นต้น
- คุณยังสามารถใช้มัน การคำนวณ ฟังก์ชั่นในการคำนวณ พลังงานโครงสร้างโมเลกุล, แรง, การสแกน PES, สถานะการเปลี่ยนผ่าน, การเปลี่ยนแปลงทางเคมี, เรขาคณิต, พลังงานการสลายตัว, การแก้ไข BSSE, และอื่น ๆ
นอกเหนือจากฟังก์ชั่นการดู คุณจะได้รับเมนูสร้างพิเศษพร้อมชุดของฟังก์ชั่นการสร้างโมเลกุล คุณสมบัติเหล่านี้รวมถึงการเพิ่มอะตอมใหม่ การแทรกโมเลกุลใหม่ การลดขนาดโครงสร้าง การตั้งไอโซโทป และอื่นๆ
นี่เป็นซอฟต์แวร์สร้างแบบจำลองระดับโมเลกุลที่ดีมาก ซึ่งคุณสามารถแสดงภาพไฟล์ Protein Data Bank บนพีซีของคุณได้ ถ้าคุณชอบก็ดาวน์โหลด จากที่นี่ .
ดู: Chem4Word เป็น Add-in ทางเคมีสำหรับ Microsoft Word .
B] Swiss-PdbViewer
Swiss-PdbViewer เป็นโปรแกรมดูไฟล์ PDB พิเศษฟรีสำหรับ Windows 11/10 ช่วยให้คุณเห็นภาพและวิเคราะห์โครงสร้างโปรตีนหลายอย่างพร้อมกัน คุณสามารถวิเคราะห์โครงสร้างโปรตีน โครงสร้าง DNA ฯลฯ ที่มีอยู่ในไฟล์ PDB นอกเหนือจากไฟล์ PDB มันยังให้คุณเปิดและดูไฟล์ MOL และ MMCIF
เมื่อคุณเปิดไฟล์ PDB มุมมอง 3 มิติจะแสดงบนอินเทอร์เฟซพร้อมกับหน้าต่างแผงควบคุม แผงควบคุมประกอบด้วยข้อมูลทั่วไป รายการ และชื่อไฟล์ คุณสามารถย้ายโครงสร้าง หมุน ซูมเข้า/ออก ฯลฯ ได้อย่างง่ายดาย
นอกจากนี้ยังช่วยให้คุณแสดงหรือซ่อนพื้นผิวจุด ฐาน พันธะไฮโดรเจน เวกเตอร์แรง และอื่นๆ ตามความต้องการของคุณ คุณยังสามารถเน้นส่วนต่าง ๆ ด้วยชุดสีต่าง ๆ เพื่อวิเคราะห์โครงสร้างได้ดียิ่งขึ้น นอกจากนี้ คุณสามารถใช้คุณสมบัติการแสดงผล เช่น Render in Solid 3D, Render POV, Display Labels และอื่นๆ
นอกจากเครื่องมือสร้างภาพแล้ว คุณยังได้รับฟีเจอร์การสร้างแบบจำลองโมเลกุลอีกมากมาย นอกจากนี้ยังมีคุณสมบัติการคำนวณพลังงาน การคำนวณ H-bond การวิเคราะห์โดเมน การตรวจจับโดเมน การสร้าง motif 3D การสร้างสมมาตรแบบ crystallographic และเครื่องมืออื่นๆ
คุณสามารถดาวน์โหลดได้จาก เว็บไซต์อย่างเป็นทางการ .
อ่าน: ซอฟต์แวร์วิเคราะห์พลังงานฟรีที่ดีที่สุดสำหรับ Windows 11/10
C] คิวโมล
คูมอล เป็นอีกหนึ่งโปรแกรมดู PDB ฟรีสำหรับ Windows 11/10 เป็นเครื่องมือสร้างภาพโครงสร้างโมเลกุลขนาดใหญ่ซึ่งคุณสามารถดูไฟล์ PDB ได้ ไฟล์อื่นๆ ที่คุณสามารถเปิดและดูได้ ได้แก่ DX, MAP, MTZ, CNS เป็นต้น
ช่วยให้คุณสามารถสลับระหว่างมุมมองเปอร์สเปคทีฟและออร์โธกราฟิก หมุนโมเดล ซูมเข้า/ออก ฯลฯ คุณสามารถเรนเดอร์โมเดลโดยใช้ POV-Ray และวิธีการเรนเดอร์ภาพเคลื่อนไหว โครงสร้างการแสดงผลสามารถบันทึกในรูปแบบ PNG นอกจากนี้ยังมีเครื่องมือวัดที่ช่วยให้คุณวัดระยะทาง มุม และบิดในแบบจำลอง
คุณยังสามารถหาเครื่องมือเพิ่มเติมเพื่อวิเคราะห์โครงสร้างโปรตีนเพิ่มเติมได้อีกด้วย เครื่องมือเหล่านี้ประกอบด้วย การซ้อนทับระดับโมเลกุล, ตัวตัดพื้นผิวโมล, การสร้างพื้นผิวโมล, ตัวแก้ไขพันธะโมล, การวิเคราะห์อันตรกิริยา, ภาพเคลื่อนไหวโมลมอร์ฟ, และอื่น ๆ
เป็นซอฟต์แวร์ที่ดีในการแสดงภาพและวิเคราะห์โครงสร้างโปรตีนที่มีอยู่ในไฟล์ PDB
ดู: ตัวเลือก .LIT # วิธีแปลง LIT เป็น EPUB หรือ MOBI บน Windows
หน้าจอสีน้ำเงินหลังจากนอนหลับ windows 10
D] โมเลกุล
ซอฟต์แวร์ตัวแสดง PDB ถัดไปในรายการนี้คือ Molekel นี่เป็นซอฟต์แวร์สร้างภาพระดับโมเลกุลที่ค่อนข้างเก่า แต่ทรงพลังที่ให้คุณเปิดและดูไฟล์ PDB คุณสามารถค้นหาเครื่องมือสร้างภาพและวิเคราะห์ระดับโมเลกุลมากมายที่ช่วยให้คุณวิเคราะห์โครงสร้างโปรตีนได้
ช่วยให้คุณปรับแต่งการแสดงผลของโมเลกุล อะตอม พันธะ สารตกค้าง ฯลฯ คุณสามารถเลือกประเภทการแสดงผลที่แตกต่างกันสำหรับแต่ละประเภท เช่น Ball & Stick, CPK, Hemisphere, SoSphere, Full Sphere, Cylinder, SoCylinder, Semicylinder, ลวด, แท่ง, เทปเชิงเส้น ฯลฯ นอกจากนี้ คุณสามารถปรับคุณสมบัติของมุมมอง 3 มิติ, แสดง/ซ่อนกล่องขอบเขต, ใช้เชดเดอร์ ฯลฯ ช่วยให้คุณดูไฟล์ PDB ได้โดยเปลี่ยนความหนาแน่นของอิเล็กตรอนที่พื้นผิวของ โครงสร้างและเพิ่มพื้นผิวสำหรับตัวทำละลายให้กับโครงสร้าง
คุณสามารถหา แอนิเมชั่น ฟังก์ชั่นในการเล่นภาพเคลื่อนไหวของโครงสร้างของโมเลกุล นอกจากนี้ยังมีเมนู 'การวิเคราะห์' พิเศษพร้อมเครื่องมือที่เหมาะสม เมื่อใช้เครื่องมือวิเคราะห์ คุณสามารถกำหนดข้อมูลกริด ความหนาแน่นในการหมุน ศักย์ไฟฟ้าสถิตระดับโมเลกุล สเปกตรัมการปล่อย ระยะทาง มุม และอื่นๆ สำหรับโครงสร้าง
นอกจากนี้ยังช่วยให้คุณสามารถแปลงไฟล์ PDB เป็นรูปแบบไฟล์ต่างๆ รูปแบบเหล่านี้รวมถึง PDF, PS, EPS และรูปภาพ ถ้าคุณชอบคุณสามารถรับได้ ที่นี่ .
อ่าน: Complete Anatomy App เป็นการดาวน์โหลดที่คุ้มค่าสำหรับ Windows .
จ] ราสมอล
คุณยังสามารถใช้ RasMol เพื่อดูไฟล์ PDB บน Windows 11/10 เป็นซอฟต์แวร์โอเพ่นซอร์สฟรีที่ช่วยให้คุณเห็นภาพและวิเคราะห์โครงสร้างโมเลกุล นอกจากนี้ยังรองรับการเปิดและดูไฟล์อื่นๆ เช่น MOL, XYZ, CIF, MOPAC เป็นต้น
ช่วยให้คุณดูโครงสร้างเป็นกรอบ บิดงอ แท่ง ริบบิ้น เส้น ฯลฯ คุณยังสามารถเน้นส่วนต่าง ๆ ของโครงสร้างด้วยสีที่ต่างกัน นอกจากนี้ยังช่วยให้คุณแสดงหรือซ่อนอะตอมของไฮโดรเจน เฮเทอโรอะตอม เงา ป้ายกำกับ ฯลฯ ตามความต้องการของคุณ คุณยังสามารถวัดระยะทาง แรงบิด มุม และค่าอื่นๆ ในโครงสร้างได้อีกด้วย
ซอฟต์แวร์นี้พร้อมใช้งาน ที่นี่ .
ดู: ซอฟต์แวร์กายวิภาคของมนุษย์ 3 มิติฟรีที่ดีที่สุดสำหรับ Windows
2] ลองใช้เครื่องมือออนไลน์ฟรีเพื่ออ่านไฟล์ PDB
คุณยังสามารถใช้เครื่องมือออนไลน์ฟรีเพื่อเปิดและดูไฟล์ PDB สิ่งที่คุณต้องทำคือเปิดเว็บไซต์ในเว็บเบราว์เซอร์และดาวน์โหลดไฟล์ PDB เพื่อดู ต่อไปนี้คือผู้ดู PDB ออนไลน์ที่ดีที่คุณสามารถลองได้:
- RCSB พีดีบี
- มอลซอฟท์
A] RCSB PDB
firefox เปิดใช้งานส่วนเสริมในการเรียกดูแบบส่วนตัว
คุณสามารถใช้เครื่องมือออนไลน์ฟรีที่เรียกว่า RCSB PDB เพื่อแสดงภาพไฟล์ Protein Data Bank ช่วยให้คุณสามารถนำเข้าไฟล์ PDB จากนั้นแสดงภาพและวิเคราะห์โครงสร้างโมเลกุล
คุณสามารถค้นหาคุณสมบัติการแสดงภาพพื้นฐานบางอย่าง เช่น ซูม หมุน สลับมุมมองพอร์ตขั้นสูง รีเซ็ตกล้อง สลับโหมดการเลือก ฯลฯ นอกจากนี้ยังช่วยให้คุณปรับการตั้งค่าหรือควบคุมตัวเลือกบางอย่าง เช่น โหมดกล้อง (มุมมองหรือภาพออโธกราฟิก) สีพื้นหลัง เปิด /ปิด. ปิดการบดบัง, เปิด/ปิดหมอก, การตัด, ตำแหน่ง ฯลฯ
มันมาพร้อมกับ เคลื่อนไหว การทำงาน. เมื่อใช้สิ่งนี้ คุณสามารถหมุนโครงสร้างโปรตีนได้โดยอัตโนมัติ ด้วยสิ่งนี้ คุณสามารถปรับความเร็วและมุมในการหมุนได้ คุณยังได้รับการทุ่มเท การวัด เครื่องมือในนั้น เมื่อใช้เครื่องมือนี้ คุณสามารถค้นหาค่าต่างๆ ได้ เช่น ระยะทาง การวางแนว มุม และอื่นๆ
นอกจากคุณสมบัติเหล่านี้แล้ว ยังมีเครื่องมือที่มีประโยชน์อื่นๆ อีกหลายอย่าง: การค้นหาโครงสร้าง motif, การเพิ่มส่วนประกอบ, การส่งออกภาพเคลื่อนไหว, การส่งออกรูปทรงเรขาคณิต (STL, OBJ ฯลฯ) และการส่งออกแบบจำลอง
ทั้งหมดนี้เป็นโปรแกรมดู PDB ออนไลน์ฟรีที่ดีจริงๆ พร้อมชุดเครื่องมือสร้างภาพที่ยอดเยี่ยม คุณสามารถลอง ที่นี่ .
B] มอลซอฟท์
Molsoft เป็นอีกหนึ่งเครื่องมือออนไลน์ที่สามารถใช้เพื่อแสดงภาพโครงสร้าง PDB นี่คือโปรแกรมดูไฟล์ PDB อย่างง่ายพร้อมคุณสมบัติพื้นฐาน ก่อนอื่นให้เปิด เว็บไซต์ และคลิกที่ตัวเลือกเมนูสามเลน หลังจากนั้น เลือกตัวเลือก 'เปิด' เพื่อนำเข้าไฟล์ PDB ที่บันทึกไว้ในเครื่องหรืออัปโหลดไฟล์จาก Google Drive ของคุณ เมื่อคุณเลือกไฟล์ ไฟล์นั้นจะแสดงโครงสร้างโมเลกุลในตัวแสดง
คุณสามารถใช้โหมดมุมมองต่างๆ เพื่อแสดงภาพโครงสร้างได้ มุมมองเหล่านี้รวมถึงโครงลวด ครีเอทีนฟอสโฟไคเนส (CPK) ลูกบอลและแท่ง ริบบิ้น และอื่นๆ คุณสามารถสลับระหว่างโหมดมุมมองเหล่านี้ได้อย่างง่ายดายเพื่อให้เหมาะกับความต้องการของคุณ นอกจากนี้ยังช่วยให้คุณสามารถเปิดหรือปิดใช้งานฉลากอะตอม ฉลากสารตกค้าง พันธะไฮโดรเจน และไซต์เพื่อความเข้าใจที่ดีขึ้นเกี่ยวกับโครงสร้าง
นอกจากนี้ยังมีเครื่องมือวัด คุณสามารถวัดระยะทาง มุมเรียบ และมุมบิดในโมเดลได้ นอกจากนี้ยังมีฟังก์ชัน Color by ที่ใช้งานสะดวก ซึ่งช่วยให้คุณกำหนดสีโครงสร้างตามประเภทอะตอม สายโซ่ การจัดตำแหน่ง โครงสร้างรอง ฯลฯ
นี่เป็นอีกหนึ่งโปรแกรมดูไฟล์ PDB ออนไลน์ที่ดีที่คุณสามารถทดลองใช้ได้ฟรี
จะดาวน์โหลดไฟล์ PDB จาก Protein Data Bank ได้อย่างไร
ในการดาวน์โหลดไฟล์ PDB จาก Protein Data Bank คุณสามารถไปที่เว็บไซต์ Protein Data Bank ป้อนและค้นหาชื่อของโปรตีนหรือโมเลกุลขนาดใหญ่ เช่น เฮโมโกลบินของมนุษย์ ไคติเนส เป็นต้น จากนั้นเลือกไฟล์จากผลการค้นหาและ ใช้ตัวเลือกดาวน์โหลดเพื่อดาวน์โหลดไฟล์ PDB ง่ายๆอย่างนั้น
จะดูโครงสร้าง PDB ได้อย่างไร?
โครงสร้างโมเลกุลของ PDB สามารถดูได้โดยใช้เครื่องมือออนไลน์หรือแอปพลิเคชันซอฟต์แวร์โดยเฉพาะ คุณสามารถลองใช้ซอฟต์แวร์ฟรี เช่น IQmol, Swiss-PdbViewer และ CueMol เพื่อแสดงภาพและวิเคราะห์โครงสร้าง PDB บนพีซีของคุณ หากคุณต้องการใช้เครื่องมือออนไลน์ มีตัวเลือกมากมาย ตัวอย่างเช่น ลองใช้บริการเว็บ เช่น RCSB PDB และ Molsoft โปรแกรมดูไฟล์ PDB ออนไลน์ฟรีเหล่านี้มีเครื่องมือสร้างภาพและวิเคราะห์ระดับโมเลกุลขั้นสูง
จะแปลงไฟล์ PDB เป็น PDF ได้อย่างไร?
หากต้องการแปลงไฟล์ PDB เป็น PDF คุณสามารถใช้แอปพลิเคชันเดสก์ท็อปฟรีชื่อ Molekel มีตัวเลือกพิเศษ 'บันทึกเป็น PDF' ที่ให้คุณแปลงไฟล์ PDB เป็นรูปแบบ PDF คุณสามารถเปิดไฟล์ PDB แล้วคลิก 'ไฟล์' > 'บันทึกเป็น PDF' เพื่อแปลง PDB เป็น PDF เราได้กล่าวถึงซอฟต์แวร์นี้โดยละเอียดในโพสต์นี้ ลองดูด้านบน
นั่นคือทั้งหมด
อ่านตอนนี้: ซอฟต์แวร์การสร้างแบบจำลองโมเลกุลฟรีที่ดีที่สุดสำหรับ Windows
